在相当长的一段时间内，文凭问题一度成为制约齐鲁大学发展的障碍。这因为，从1864年直到1924年，齐鲁大学及其前身都只是教会拨款、传教士自行建立的学校，既没有得到中国政府认可，也没有得到其他国家的执照，所以不能颁发符合任何国家规定的毕业证或学位。这一状况在1924年得到改变。很快，齐鲁大学的学生开始有了一段特殊的“福利”：学生既可以获得加拿大多伦多授予的学士学位，还能得到教育部盖章的齐鲁大学的学士学位。
获取加拿大执照
作为现代教育的开创者，教会大学开始并不会给学生发毕业证书，直到民国初期，这种状况发生了变化。当时，各种教会学校数目增多，很多机构并不符合标准。教育部认为有必要发布规定，制定标准。1920年发布的政策表示：由外国人捐助经费建立的教育机构，应受到与本国私立学校同等的待遇。这正是当时齐鲁大学的需要，它需要一个执照，使它可以授予学生学位，而且当时中国的燕京大学、岭南大学、金陵大学等都已经获得美国执照。
由于英国人在齐鲁的数量要多于在其他任何一所在中国的教会大学，所以，应该争取获得英国执照的建议被提了出来，并得到美国同事的热烈支持。英国接着就调查了这种可能性，但发现没有一条法律允许给在英国国外的教育机构颁发执照，同时要让国会通过一项特别立法将是一个漫长和艰难的过程。英方随后建议，齐鲁大学可以向纽约州的大学评议委员会申请执照。美国的相关机构为实现这个目标采取了初步行动，但不久就发现这条道路存在着严重的障碍。举例来说，只有当美国公民在学校领导机构中占多数席位的情况下，才能授予这样的执照——而且不能使英国、加拿大差会感到不公平，否则就没法达到这个要求。
在这个节骨眼上，争取加拿大执照的建议被提了出来。当地人对接受这个建议有几分不情愿，因为加拿大的大学在中国鲜为人知，但那些支持这一建议的人争辩说，如果齐鲁在加拿大执照下能保持高水准的话，那么对这种和加拿大的联系的尊重感也会与日俱增。最后，由加拿大长老会委员会的阿姆斯特朗(a. e. armstrong)、已不再担任纽约州教育局长的芬利(john h.finley)等人组成委员会，被授权与加拿大当局谈判。一开始阿姆斯特朗先生就表示，这个任务不会很难办。他说，“我们将会得到总理的同情，他曾经到过中国。饶威尔(rowell)先生作为加拿大前任枢密院长的影响将会起很大的作用”。阿姆斯特朗先生的预言证明是对的，加拿大议会通过一项特别的社团法，给山东基督教大学授予执照，这项法令在1924年7月19日获得乔治五世陛下的批准。
加拿大的执照十分宽宏大量，非常适用于特殊的社会环境。它授权组织一个理事会，但并没有要求加拿大人在成员中占有特别的比例。理事会获准可以有两个组成部分，一个在英国，另一个在北美。大学也被授权，按照他自己理事会的规定，“可以授予与中国法律相一致的文凭和学位”。这个执照并没有要求向在渥太华的加拿大政府提交任何报告。
加拿大议会对大学抱有信心，这个判断一点没错。大学在制定学位颁发条例时，清楚地表明了维持高标准的愿望。文理学院只颁发文学士和理学士学位。医学院按照英国比较保守的做法，只颁发医学士学位。神学院颁发道学士和神学士两种学位。如果一个人在学3年神学之前只学了一年大学课程的话，那么他在神学院毕业时可获道学士学位。要获神学士学位者必须先有文学士或理学士学位。
尽管1931年大学在教育部立案后，很大程度上减轻了加拿大执照的重要性，但它的有效期一直持续到1946年1月18日，在大学董事会（它已成为在华教会大学联合董事会的一个组成部分）的要求下，安太罗高等法院发布“终止法”为止。
一位“双证”学生的回忆
国民政府则是在1931年10月才批准私立齐鲁大学注册立案。齐鲁大学同时颁发国民政府教育部统一样式的大学文凭以及原有的加拿大文凭，这也成为了齐大毕业生的一大特色。其英文文凭上使用“shantung christian university(cheeloo university)”即“山东基督教共合大学（齐鲁大学）”作为校名。
一位曾经因此“获利”去加拿大多伦多大学学习的学生回忆了那段历史：
“多伦多并不是加拿大的首府，但多伦多大学却是加拿大最大的大学，它创建于1827年，由16个不同的学院组成。
加拿大自从成为自治领后，对发展海外势力可以说是不遗余力，曾派大批传教士到中国各地，其中也包括相当数量的医生、教授到齐大。按欧美的规矩，开办大学必须有个政府批准，得到“特许状”后才可以有权颁发学位。当时在中国的教会大学，多半都是在美国得到这种‘特许状’的，而齐鲁大学于1917年可以说是才初具规模。当美国政府还在考虑是否给这个不重视英语的大学以‘特许状’的时候，加拿大却捷足先登，于1924年给予特许状，由英皇乔治五世御批‘恩准’并且还破例申明采取宽大态度，不要求齐大董事会成员中有多少加拿大人的名额，也不要求齐大每年向加拿大政府提出书面报告。
自此以后，齐大有权授予该校毕业生以各种学位，甚至在1931年齐大经南京国民政府批准立案以后，齐大仍按旧制办事，医学院的学生在修毕7年课程毕业时，上午在广智院大礼堂举行毕业典礼，授予教育部盖章的医学学士学位，晚上，还要在医学院礼堂另搞一套，增发一个加拿大多伦多大学的医学博士学位。
尽管这种畸形的从属关系在我去加拿大时已经中止，但当我于该年9月到达多伦多时，该大学见到当时还在成都的齐大寄去的证件和成绩单后依然承认我的学历，接收我为该大学的正式研究生。我在两年时间内，修完了规定的课程，交上论文经审批后，参加在多伦多大学举行的毕业并授予文凭和学位典礼。那天，校长和主要教授、导师们都穿上大礼服，大礼服上面都披戴着各种颜色（表示不同的学校）的学位帽或巾，一个个依次上台就座。毕业的同学也都穿着黑色学士礼服，戴着方帽子，坐在大礼堂的前边座位上。等行礼如仪后，学生们一个个上台领取文凭和披戴学位帽。我记得还要跪在校长面前，将自己的双手夹在校长的手掌中，校长口里还念了两句我不懂的拉丁语。接过文凭后，旁边有人将一顶帽子不像帽子、围巾不像围巾的兜布或罩布披在我的身上，并将头上戴的四方帽子的穗子从左边挪到右边，表示得到了学位。
这种学位帽原是中世纪欧洲大学或修道院的学者外出时所穿外套上的头巾或帽子，类似我国从前老人戴的风帽，进到屋子以后就顺手将它脱下背在脊梁上。天长日久就变成一种服式。并由两三块有颜色的布拼成的围巾或帽子，颜色则表示不同的院校，到后来则变成没有实用价值、只显示学位的标志。欧美大学和礼拜堂内遇有大典时，教授、牧师都在礼服上披戴各种式样不同、颜色不同的学位帽或学位巾。有位教徒听见我得有学位，还特地送给我他家祖传的学位帽。‘文革’抄家时，被红卫兵发现，把学位帽撕得粉碎。从此，我也就没有学位帽了。”
“西方学者第一人”与齐大的缘分
自齐鲁大学申请到加拿大政府颁发的执照以后，直至1952年以前，两校一直保持着密切的交流与合作。
在这里，有必要关注一下甲骨研究“西方学者第一人”的明义士。明义士(james mellon menzis)，1885年2月出生于加拿大安大略省克林顿镇一个基督新教家庭，自小受洗入教。1903年，他考入多伦多大学毕业。在中国传教期间喜欢上了考古。
1932年，加拿大人明义士被齐鲁大学聘为考古学教授，他将自己在河南安阳收集到的甲骨和其它文物运到济南，在校内建博物馆。齐鲁大学任教四年时间也是明义士学术研究最多产的时期，他先后完成了《甲骨研究》《考古学通论》讲义的写作，并发表了一系列研究甲骨文的论文，使齐鲁大学成为甲骨学研究的重要阵地之一。据方辉先生统计，在齐鲁大学期间，明义士完成的研究成果有：《商代文化》《甲骨研究》（初编）、《马可波罗时代基督教在中国的传播》（英文）、《表校新旧版〈殷墟书契前编〉并记所得之新材料》《中国商代之卜骨》《论汇印聂克逊先生所收藏青铜十字押》《柏根氏旧藏之甲骨文字》《商代的美术》（英文）、《商代的文化与宗教思想》（英文）、《中国早期的上帝观》（英文）。此外还有数种未能完成的研究计划。另外，明义士对城子崖遗址及济南市附近地区进行了多次考古调查，收集到了数以千计的陶片，对这些古代遗址进行了研究。
明义士的儿子明明德曾任加拿大驻华大使，1999年6月来到济南，将父亲生前收集的3箱有关中国考古学的研究资料和图书捐赠给山东大学，为这些浸润明义士心血的金石拓片、照片、书籍、信件、日记、手稿等找到最佳归宿。