义和团运动的爆发让传教士门意识到，要想变得强大并开创更长远的事业，需要彼此联合，成为更亲密的伙伴。另一方面，随着科学技术的不断进步和现代工业的发展，要求学校发展多种学科，当时教会学校多如雨后春笋，都拥有大中小学，都向多种专科发展。各教会均感独立难支，遂兴起联合办学校的热潮。
潍县乐道院
狄考文不但自己办学不遗余力，他还宣传动员自己的弟弟和同道也都来中国办学，二弟和三弟都先后来中国参加办学。1881年，他四弟狄乐播（rober mateer）也和夫人阿撒拉氏来登州，先在其兄狄考文处学习华语和文会馆办学经验。1883年，狄乐播夫妇偕同良约翰牧师及明义士等人，由登州来潍县，在东关安邱巷租赁梭布行货房，创办格致院招生开学。清朝末年对声、光、化、电等自然科学及算学、地理、历史、绘画等学科都统称格致，格致院是穷究事物原理而获得知识的机构，也就是学校。
格致院开课后，狄乐播专程拜访在登州文会馆肄业的李芳桂，狄发现紧靠李家庄的虞河崎岖蜿蜒，上游有清泉旱季亦不干，在我国北方极为罕见，两岸风景秀丽；环境幽静，很适合建学校和医院。便由李芳桂之弟李芳龄出面，代购李家庄西北约一华里，虞河南岸土地十六亩半，报请北长老会远东布道会差会拨款，动工兴建，主要材料有洋灰（冰泥）、洋瓦、木料及金属材料等，均由大洋彼岸的美国运来。当年交通极不方便，年后材料方到齐，开工后又不顺利。附近农民有的偷材料，有的捣乱破坏，狄乐播无奈，只好住在工地上夜间亲自守护，历尽艰难，历时两年多方才建成学校、教堂、位宅及院墙，取名乐道院。
1885年，学校及宿舍建成，在潍县东关安邱巷梭布行货房里创办的格致院，迁入乐道院扩大招收寄宿生正式开学，取名文华馆。格致院和文华馆都完全仿照登州文会馆，春季始业，学制六年，课程也和文会馆一样、教材全部采用文会馆编印的课本和讲义。格致院和文华馆都遵循狄考文的方针，特别重视数、理、化和实用的科技知识，狄乐播还吸取了倪维思博士夫妇先创办女校费力不讨好的教训，和狄考文一样，首先集中主要力量，创办文华馆男校。到1889年，医院建成，同时培养一批医护人才 (早期亦为男性)。
1890年，义和团反洋爱国运动越来越激烈。北长老会在潍县办学校开医院17年，治病救人做了很多好事，从未发生过欺压百姓的坏事，而且在潍县城及乐道院附近也根本没有义和团活动，本来乐道院也会相安无事的。当时义和团主力正在天津与八国联军浴血奋战，山东义和团都全力以赴前往增援。这时乐道院德高望重的老主持人，狄乐播夫妇恰在美国休假，代理人费习礼接烟台美国领事馆电报紧急通知，率领所有外国人匆忙撤往烟台暂避，附近居民见洋人都逃走了，便奔走相告，大家便不约而同地涌向神秘的洋楼，多数人好奇看热闹，少数人则想趁机捡点洋货发洋财。想不到还有一个美国人没撤走，双方发生打斗及流血事件，乐道院的教堂、医院、中外工作人员宿舍及文华馆、文美书院、医护学校等都被烧成一片灰烬，共计烧毁楼房四十二间、瓦房一百三十六间，损失惨重。
1902年，青岛开埠后，大港已建成深水码头，可停靠万吨巨轮，胶济铁路即将全线通车，潍县是胶济铁路中枢，通过铁路可连接济南及全国各地，公路更是半岛枢纽。潍县文化悠久、经济发达，是我国最大的农副产品和手工业品的集散地。对比之下，登州却交通闭塞，口岸烟台港小水浅不能停靠巨轮，其充当中国北方重要门户的地位，已被青岛取代，变成一条死胡同，再也不能适应经济发展的需要，狄考文与柏尔根等人研究，决定将长老会山东总部和文会馆大学部迁往潍县，继续发展。
百余年来，中国人难以忘记，八国联军共勒索中国赔款四亿五千万两银子，这次美国也参加了侵略，从中分到三千二百九十三万九千零五十五两。但美国政府在全国教会愤怒抗议下，将全部赔款交由教会在中国办学用。根据布朗著《旧中国的新势力》记载，潍县乐道院分得一万四千七百七十三两，美国长老会又在本国募集了三万余两。除此之外，还有地方赔款，据1901年3、4月间，上海英文版《华北前驱》报道，当年，狄乐播、费习礼、法礼士和方法廉曾面谒山东巡抚袁世凯递上损失清单，乐道院共损失六万四千两。经袁世凯还价后实赔四万五千两。当时，狄乐播说，“这还价的一万九千两，相当于所有人的全部个人财物损失，可全部豁免不用赔偿。”中国官员对狄乐播的宽厚仁慈精神大为敬佩。
乐道院被烧的赔偿问题顺利解决后，总共得到一笔相当大的资金。1902年开始重建，并在原来的乐道院遗址西北，增购土地一百六十市亩。在设计上花费了不少功夫，四周围墙很高且坚固，大门改朝北，面向秀丽的虞河，院内重新建起更多更高大雄伟的西洋式楼房，大院里面套很多小院。医院、护士学校、教堂、中、外工作人员及家属住宅，外国侨民墓地、大学部、中学男生部、女生部及小学部，均有独立的院墙和坚固的大门，像一座迷宫式的西方城堡，内栽各种名贵树木冬夏常青，多种珍贵花卉四季常开，大门楼上高悬乐道院三个大字，但当地人仍习惯叫洋楼。
重新建造的大教堂（也是学校的大礼堂），最为富丽堂皇，平面呈十字形，四面都有门可通行；八角顶重叠很像北京故宫的角楼，顶部高二十多米，既有中国古典建筑亭阁的风格，又有欧美教堂建筑的特色，中西建筑风格结合得很协调，大厅可容纳六七百人，除星期天上午做礼拜传教外，平时是学校的大礼堂，学校的开学毕业典礼及辩论会，邀请名人来校演讲，开文娱会、演话剧及歌舞等活动都在教堂举行。此外，教堂的地下室还有锅炉和暖气设备，冬季可取暖。可惜十年动乱期间，被红卫兵拆毁。
重建的医院，比原来的医院更宽敞，更适用，内，外、眼、牙及妇产各科俱全，门诊部内化验室、手术室及药房等一应俱全，病房大楼是后来新建的，更为壮观，医院附设的医护学校也比以前的，更完善更宽大。
而这些新建的建筑，在不久的将来的一次搬迁与合并中，有了一个共同的名字，“广文学堂”。
英美传教士走向教育联合
义和团运动有力地推动了山东早就存在的传教士们的合作运动。在这次事件之前，1893年11月在青州府召开了非宗派传教士会，当时在山东传教的9个差会中有7个派出了代表，在邻省河南的加拿大长老会也派代表与会。美国公理会的傅恒理(henry porter)被推选为主席。1898年10月在潍县举行了第二次大会，有52名传教士出席了会议。英国浸礼会的仲钧安和美国北长老会的狄乐播当选为主席。会议上洋溢着亲密友好的气氛，促进了彼此的认识和了解。但是义和团起事时的经历，使许多人相信必须加强进一步的合作。
合作教育运动的起源在英国浸礼会传教士波特（e．w. burt)的《在华50年》中有详细的记载。他说：“直到义和团兴起的年代，尽管英国浸礼会传教士和毗邻差会的传教士有着极为友好的关系，但彼此都有界划明确的传教区域，各有自己的布道活动和教育工作。但是上帝，他用义和团的爆发让各个差会紧密地走到一起，给它们机会来计划新的合作事业。好几个月的时间里，逃亡的传教士在芝罘居住在一起，焦急地等待着领事们允许他们重返内地的那一天。他们就此形成了一种更为亲密的伙伴关系，而在此之前，这种关系仅仅是一种可能。他们日常工作的被迫中断也使他们得以回顾整个形势，共同筹划将来。如同我们已经看到的那样，中小学教育已经发端，但中国的新危机召唤更高程度的教育。坦率的会谈在山东两个最重要的差会，即美国北长老会和英国浸礼会之间频频举行，双方很快认识到，如果真要干成卓有成效的事业，那就不能独立地去干，而必须把人力和物力的资源集中起来，联合开展我们的高等教育工作。”
路思义所说的稍有不同。他说：“义和团运动爆发前没有几个月，我作为一个调查迁校问题的小型委员会主席或者秘书，写信询问青州府的仲钧安先生，如果登州学院迁往潍县，英国浸礼会可能持什么态度。在1900年那些紧张繁忙的日子里，他有好几个月没有给我回信，但他心里一直留着此事模糊的记忆，若干个月以后他从美国给我写信说，他对此事很感兴趣，而且他认为必须通盘考虑彼此之间的关系。这最终导致了与我们英国浸礼会朋友们的联合，我认为这种联合对两个差会、在更广阔的意义上对中国都是卓有成效和极为有益的。”
联合的基础
1902年6月13日，在青州举行的有两个差会的代表会议上，起草了一份称之为《联合教育工作基础》的文件，此份文件是以下列序言开头的：
“感谢上帝在过去给予我们的恩典，祈求上帝继续保佑我们的事业，我们在山东的美国长老会和英国浸礼会成员，同意联合起来建立三所学院，即在潍县的文理学院、在青州府的神学院和在济南府的医学院，条文如下……”
第一条第一款声明：“联合学院第一位和最重要的目标是推进基督在中国的事业。”文理学院的目标是“给予主要来自基督教家庭的青年提供具有鲜明基督教特色的教育，学院用中文授课。”
至于财产的所有权，该协议同意在潍县的文理学院产业仍归长老会所有，在青州的神学院和济南的医学院归英国浸礼会所有。同时协议认为文理学院的产业在价值上应该与神学院和医学院的总和相等。长老会要在潍县、浸礼会要在青州和济南分别为教师提供住所。各学院的日常经费由两个差会平均分担。
在这份文件中还有关于教师人员的规定，但规模非常小。该文件要求文理学院至少有4名外国男教师，神学院至少有2名外国男教师，医学院也至少有2名男教师，总共才8人。这样每个差会只负责提供4名教师。这就是这个联合机构简陋的开端。
在最初的几年里，这个机构被称为山东新教大学（shantung protestan university），中文名字是合会学府，或者差会联合学校。下设三个学院：文理学院在英语中叫做山东联合学院，中文称广文学堂。医学院英语叫做联合医学院，中文称医道学堂。神学院的中文名字是神道学堂。
这项联合事业的管理被委托给一个6人委员会，每个差会各出3名委员。委员会有权决定课程和正式教员的人选，但3个学院院长的选举结果必须得到纽约和伦敦的差会委员会批准，差会委员会掌握大学最高权力。这些有关联合的规定后来进行了修改，以便其他差会参加联合。
山东在教育方面的联合行动和其他受义和团运动影响地区的类似活动是同时发生的。1901年在满洲的苏格兰长老会和爱尔兰长老会在沈阳联合建立了一所学院和一所医科学校，后来丹麦路德会也参与其事。在北京及其近郊，美国公理会、美国长老会和伦敦会组成了华北教育联合会，建立了一所男子学院、一所女子学院、一所神学院和一所男子医学院。后来还建立了一所女子医学院，该院最后从北京迁往济南，成为山东基督教大学的一部分。
山东的联合也并不是一帆风顺的。在英国浸礼会方面，库寿龄先生坚决反对联合，因为他雄心勃勃地要把自己的高中扩展为文理学院。起初仲钧安也是踌躇不前，他当时是浸礼会的公认领袖。他考虑到执行这项计划的重重困难，特别担心浸礼会在提供人员和资金方面不能与长老会并驾齐驱。后来他感到计划相当圆满，就施加自己的影响全力支持联合。他是第一届委员会成员之一，直到他悲剧性的因故身亡前，他是大学发展最重要的推动力之一。1905年6月17日，他正住在中国的泰山上，暴雨引起滑坡，带走了他下榻的那座庙宇。
在长老会一方，反对来自狄考文。联合决议通过时，正值他在美国度休假年，虽然他回来后对此大加批评，但终未能取消联合决议。所以他接受这一决定，带着他1900年新婚的妻子海雯(ada haven)从登州迁往潍县（狄邦就烈于1898年去世）。他也搬走了他为学院弄到的望远镜，以及他亲手建立并用自己写书的收入装备起来的小车间，这个车间在制造科学仪器方面极为有用。他仍然投入主要精力翻译圣经。
联合扩大了
1908年底，山东新教大学发生了一个重要变化。山东圣公会主教提议把他的差会加入到大学的文理学院，把泰安、平阴两所学校的毕业班学生送到潍县，并提供一名教师。1909年山东新教大学校董会同意了这个决定，同时他们意识到，联合的条款需要做一些调整，以使其他差会有可能参与进来，承担同样的义务。董事们最后还投票决定，把山东新教大学改名为山东基督教共合大学。
此外，还有加拿大长老会，从1888年时起，他们就与山东长老会有密切联系。麦克鲁阿（william m c clure）是加拿大长老会的先驱，1888年来到中国河南，1916年被差会派到济南的医学院教书。他是后来齐鲁大学医学系教授兼主任，在医学院服务多年。1919年，加拿大扩大了对大学的参与，增派麦克瑞到神学院任教，后来他支持奥古斯丁长老会在1920年筹款5万美元，为他建造一栋寓所，为学校建了一个图书馆，该图书馆名为奥古斯丁图书馆。1920年，加拿大长老会开始负责提供一位加拿大人哈克尼斯的费用，他之前受美国长老会的派遣在文理学院工作。这样，加拿大长老会就和三个学院都有了关系。
最终在1917年，参加齐鲁大学组建的差会达到了十四个之多。其中属于美国系统的有八个，英国系统的有五个，加拿大系统的有一个。为了共同掌握控制齐鲁大学，上述三国的十四个差会联合组织了一个理事部(board of govemors)。总部设在加拿大多伦多，在纽约和伦敦分别设有分部。